Нумизматичка збирка постоји од оснивања Музеја, а први већи налаз којим је збирка обогаћена био је део оставе римског сребрног новца из села Каменице.
Данас Музеј поседује следеће нумизматичке збирке: збирку грчког новца, збирку римског новца, збирку византијског новца, збирку средњовековног новца и збирку новца новијег доба. У збиркама које хронолошки обухватају веома дуг временски период, од IV века пре н. е. до данашњих дана, налази се преко 11 000 комада.
Епиграфска збирка броји 100 споменика. Преовлађују споменици из римског доба који потичу из Наиса и Тимакум Минуса. Већина споменика има урезан натпис на латинском, а само мали број на грчком језику (вотивне иконе и скулптуре). Споменици обухватају временски период од I до VI века и разнородни су по садржају.
Међу најзначајније предмете издвајају се: вотивни споменик Марка Аурелија Посидонија, декуриона муниципија Наиса и римска војничка диплома.
