Историјско одељење броји око 4000 предмета распоређених у 12 збирки: оружје, војна опрема, одликовања, печати, фотографије, разгледнице, дигиталне фотографије, реалије, плакати, архивска грађа, заставе и збирка „Меморијални комплекс 12. фебруар”.
Предмети сведоче о дугој историји нашег града од османског периода, преко ослободилачких ратова, Првог и Другог светског рата до данашњих дана. Међу најзначајнијим предметима су: Винтеров план регулације вароши Ниш, Орден Таковског крста Првог реда из 1878. године, одликовања Мирослава Пилетића, албум краља Милана Обреновића, уговор о изградњи Саборне цркве и многи други.
