Istorijsko odeljenje broji oko 4000 predmeta raspoređenih u 12 zbirki: oružje, vojna oprema, odlikovanja, pečati, fotografije, razglednice, digitalne fotografije, realije, plakati, arhivska građa, zastave i zbirka „Memorijalni kompleks 12. februar”.
Predmeti svedoče o dugoj istoriji našeg grada od osmanskog perioda, preko oslobodilačkih ratova, Prvog i Drugog svetskog rata do današnjih dana. Među najznačajnijim predmetima su: Vinterov plan regulacije varoši Niš, Orden Takovskog krsta Prvog reda iz 1878. godine, odlikovanja Miroslava Piletića, album kralja Milana Obrenovića, ugovor o izgradnji Saborne crkve i mnogi drugi.
