Numizmatička zbirka postoji od osnivanja Muzeja, a prvi veći nalaz kojim je zbirka obogaćena bio je deo ostave rimskog srebrnog novca iz sela Kamenice.
Danas Muzej poseduje sledeće numizmatičke zbirke: zbirku grčkog novca, zbirku rimskog novca, zbirku vizantijskog novca, zbirku srednjovekovnog novca i zbirku novca novijeg doba. U zbirkama koje hronološki obuhvataju veoma dug vremenski period, od IV veka pre n. e. do današnjih dana, nalazi se preko 11 000 komada.
Epigrafska zbirka broji 100 spomenika. Preovlađuju spomenici iz rimskog doba koji potiču iz Naisa i Timakum Minusa. Većina spomenika ima urezan natpis na latinskom, a samo mali broj na grčkom jeziku (votivne ikone i skulpture). Spomenici obuhvataju vremenski period od I do VI veka i raznorodni su po sadržaju.
Među najznačajnije predmete izdvajaju se: votivni spomenik Marka Aurelija Posidonija, dekuriona municipija Naisa i rimska vojnička diploma.
