U zbirci praistorije čuvaju se predmeti koji svedoče o kontinuiranom trajanju života od ranog neolita do dolaska Rimljana. Zbirka sadrži preko 5000 artefakata, od kojih je oko 1500 očuvano u celosti ili sa manjim oštećenjima, ili je pak rekonstruisano. Najveći broj predmeta od keramike, kamena, metala i kosti, dospeo je u zbirku sistematskim i revizionim iskopavanjima, rekognosciranjem, ili kao slučajni nalaz putem poklona ili otkupom. Prezentacijom najvrednijih arheoloških eksponata i primenom fragmentovane rekonstrukcije pojedinih objekata, upotrebom savremene tehnologije, fotografija, i sintezom različitih umetnosti, dočarava se način života stanovništva, ekonomski razvoj, društvena struktura, umetnost i duhovnost – religijska misao od početka naseljavanja čoveka na ovim prostorima.