Le Département de l’Histoire existe depuis la fondation du musée en 1933. Je premier musée fonctionna sous le nom musée historique-ethnographique de la ville de Niš. La première exposition muséale eue, entre autres, une collection d’armes. Malheureusement, la majorité des œuvres exposées a été détruite pendant le bombardement allie en début septembre 1944 quand le bâtiment du musée fut touché.
Après la Deuxième Guerre Mondiale, suite à l’aménagement dans le nouveau bâtiment, le département historique travailla systématiquement sur la collecte, l’arrangement et le traitement d’expertise du matériel historique. Il garde et maintient les objets de la région de Niš durant les périodes passées de paix et de guerre.
Le fonds du Département Historique compte aujourd’hui vers 4.000 objets disposés en quelques collections. Celles-ci sont : la collection d’armes, de photographies, de carte postales, de médailles, de documentation archivistes et d’autres objets. Une des collections les plus précieuses est la collection de médailles qui a été enrichie par rachats et dons, où se garde des exemplaires de grande valeur de la fin du XIXème et début du XXème siècle comme, par exemple, les décorations et médailles du colonel Miroslav Piletić, fils du serdar Jole Piletić, ensuit la médaille de la Croix de Takovo de premier rang de 1878. ensuite, il y a aussi des objets des guerres de libérations. De la Première Guerre Mondiale dans le département se trouve des objets de Corfou et de la percée du front de Thessalonique qui nous témoignent des efforts et désirs des gens de cette région pour la libération nationale.
À part ces collections dans le cadre du Département d’Histoire se trouve aussi le Musée Mémorial « 12 Février » au Camp Croix-Rouge à Niš ou est, dans une ambiance authentique, exposée la collection permanente avec du matériel volumineux lie aux évènements au camp.
De l’établissement du département, le travail des curateurs se déroula sur la recherche, collecte des matériaux, classification et l’inventaire des objets, document et photographie trouves et nouvellement acquéri, l’activité de présentation, le travail pédagogique et de promotion et la suite de la formation.
