La collection des objets artistique a été forme en même temps que le Musée. Le noyau consistait d’icône, cadeaux des familles nichoises renommées, comme les peintures et dessins, dons des créateurs nichois. Le fonds de début contenait vers 50 œuvres et se distinguait par 30 dessins de Niš, don de l’élève de Munich et professeur de lycée, Moša Šoamović, comme quelques œuvres du professeur du Lycée Nichois Vasilije Rudanovski, émigrant russe. La majorité de ces œuvres exposées furent détruites en début septembre 1944 quand le bâtiment du Musée fut touché par le bombardement allié.
Après la Deuxième Guerre Mondiale, la collection d’œuvres d’art grandi en une Galerie artistique qui exista jusqu’en 1970. En ce moment, le fonds s’est enrichi d’une manière importante grâce aux dons du Musée et du Conseil pour l’éducation et la culture de Belgrade. dans cette période a été défini le profil actuel de la collection qui donne une bonne revue de l’art serbe du XXème siècle. Dans la collection sont aussi gardées une vingtaine de peintures du XIXème siècle. Ces œuvres de Nikola Aleksić, Novak Radonić et Steva Todorović consiste la médaille filigrane de la collection.
L’orientation vers les auteurs de l’espace yougoslave du temps se particulièrement manifeste des 1964, avec la rénovation du travail de la Colonie Artistique à Sićevo, dont les œuvres finissaient au Musée. Quand en 1970 en ville a été établie la Galerie des Arts Contemporains comme institution indépendante, le Musée a cessé de racheter les œuvres des expositions actuelles. De cette manière, cette année est la période de délimitation pour la collection actuelle de l’histoire de l’art.
Dans les dernières décennies, on essaye d’enrichir la collection natale avec des œuvres d’auteurs qui ont vécu et travaillé à Niš, particulièrement dans la première moitié de ce siècle. Aujourd’hui, la collection de l’histoire de l’art contient 989 peintures, sculptures, dessins et graphiques.